Jedes Jahr veranstaltet die Stadt Alto Mare ein besonderes Wasser-Pokémon-Wettrennen durch ihre Kanäle – und dieses Mal nehmen Ash und Misty ebenfalls teil! Ash gewinnt zwar nicht, aber er findet seinen ganz besonderen Platz im Herzen eines geheimnisvollen Mädchens, das er vor zwei Diebinnen rettet. Es ist jedoch kein gewöhnliches Mädchen, sondern in Wirklichkeit das verkleidete Legendäre Pokémon Latias! Ash erhält einen Einblick in das geheime Zuhause von Latias und ihrem Bruder Latios, doch dieser friedliche Ort wird bald von den Diebinnen Annie und Oakley bedroht, die es sowohl auf Legendäre Pokémon als auch auf ein rätselhaftes Juwel namens Herztropfen abgesehen haben. Denn durch die Kombination der beiden können sie eine leistungsstarke Maschine steuern, die normalerweise vor Gefahren schützt. Allerdings weist die Maschine eine Fehlfunktion auf, durch die nicht nur Latias und Latios in große Gefahr gebracht werden, sondern auch die gesamte Stadt Alto Mare!