Alles begann mit einer überlieferten Legende der Wassermenschen... Irgendwo auf der Welt gibt es einen Seetempel, der von den Wassermenschen erbaut wurde. Im Inneren des Seetempels befindet sich ein versteckter Schatz, die Seekrone, der durch einen geheimen Mechanismus geschützt wird. Der Tempel treibt unentdeckt im weiten Meer. Ash und Pikachu sowie ihre Freunde Maike, Max und Rocko lernen Lizabeth kennen. Sie ist eine Nachfahrin der Wassermenschen und erzählt den Freunden von der Legende. Sie treffen auch Jackie, einen Pokémon Ranger, der in geheimer Mission unterwegs ist, um ein Manaphy-Ei zu beschützen und den Seetempel zu finden. Unterwegs wird Jackie von einem Piraten namens Phantom angegriffen. Das Phantom will die Seekrone erbeuten und die Welt regieren, aber zuerst braucht er das Manaphy-Ei! Jetzt müssen Lizabeth und Ash Jackie helfen, das Ei zu beschützen und den ruchlosen Piraten aufzuhalten! Was ist die Seekrone? Wie ist das Mysteriöse Pokémon Manaphy, das auch als Prinz des Meeres bekannt ist, mi