Der letzte Kampf von Kenshin Himura gegen den verbrannten und bandagierten Makoto Shishio und seiner Elitekampfgruppe Juppongatana steht nun kurz bevor. Eigentlich wollte Kenshin sein Schwert nie wieder erheben, aber nachdem er erfahren hat, dass die Mitglieder der Juppongatana die Segel ihres eisernen Schiffes gesetzt haben und sich auf dem Weg nach Japan befinden, um die Meiji-Regierung zu Fall zu bringen und das Land ins Chaos zu stürzen, musste er sein eigenes Versprechen brechen.