Jason Bourne war nie der einzige Soldat, an dem der US-Geheimdienst Experimente durchgeführt hat. Während die meisten anderen Agenten bereits beseitigt wurden, hat Soldat Aaron Cross überlebt und erforscht nun seine Vergangenheit. Er findet heraus, dass er durch genetische Modifikationen besondere physische und mentale Fähigkeiten erhalten hat. Doch die CIA ist ihm bereits auf den Fersen, um auch ihn zu töten.