Patrick Jane und das CBI Team untersuchen den Mord an einem Ex-Häftling, der vor kurzem durch eine DNS Probe entlastet wurde.
Patrick Jane legt sich erneut mit dem Sektenführer Bret Stiles an. Aber der bietet ihm Information zu Red John und der Kristina Frye an.
Das Finale der dritten Staffel enthüllt letztlich den CBI Informanten von Red John. Patrick Jane und der Serienkiller stehen sich von Angesicht zu Angesicht gegenüber.
Als Van Pelt einen Augenzeugen verhören will, quälen sie die Erinnerungen an den gewaltsamen Tod ihres Verlobten, FBI-Agent Craig O'Laughlin.
Van Pelt gerät ins Kreuzfeuer als ein Zeuge ermordet wird, der unter ihrem Schutz stand.