Coulson und sein Team sind auf der Flucht und müssen daher mit begrenzten Ressourcen auskommen. Doch das hält sie nicht davon ab, die Welt auch weiterhin vor finsteren Mächten zu schützen. Unterstützt werden sie dabei von neuen Teammitgliedern. Wird es ihnen gelingen das Vertrauen in S.H.I.E.L.D. zurückzugewinnen?
Um ein altes Geheimnis zu enthüllen, sind Coulson und sein Team gezwungen eine Konfrontation mit Hydra zu riskieren. Unterdessen entführt Ward seinen Bruder Senator Christian Ward, da er Rache an ihm nehmen will.
