Ein gefährlicher Mörder tanzt den Ermittlern auf der Nase herum: Nach der Verhaftung von Thomas Gage verschwindet nicht nur dessen Opfer aus der Gerichtsmedizin. Kurz darauf ist auch der Täter auf und davon. Bei der fieberhaften Suche nach dem Verbrecher treffen Castle und Beckett auf ein Geheimversteck des CIA und die Agentin Sophia Turner, die einst Castles Muse war. Sie klärt die Ermittler über ein Katastrophenszenario auf, das Gage plant: "Pandora".
Nachdem Abbys Expertenkommission der Homeland Security schief gegangen ist und sie sich im Besitz einer echten Bombe befinden, enttarnt das NCIS-Team, dass der Anführer der Gruppe ermordet und ein theoretischer Terror-Plan gestohlen wurde.