Leon Russom

FBI-Agent Mahone bekommt von Bill Kim den Auftrag, Lincoln und Michael auf dem Weg ins Gefängnis zu erschießen. Doch es bietet sich keine Gelegenheit. Mahone darf während der Überführung zum Fox River Gefängnis nicht im Gefangenentransporter sitzen, er muss im Begleitfahrzeug mitfahren. Doch er scheint von Agent Kellerman unerwartet Schützenhilfe zu erhalten, da dieser auch Michael und Lincoln nach dem Leben trachtet und ihnen auf der Fahrt ins Gefängnis eine Falle stellt. Sucre und der mexikanische Pilot werden von der Grenzpolizei in der Luft attackiert. Ihre letzte Chance bleibt der Absprung mit dem Fallschirm mitten in der Wüste. Sucre hat Angst, aber ihm bleibt nichts anderes übrig. Er springt ab und landet unversehrt. Dieses Glück ist dem Piloten, dessen Fallschirm sich unglücklicherweise nicht ordnungsgemäß öffnet, leider nicht beschieden. Bellick wird wegen Mordes angeklagt. Ihm droht die Todesstrafe. Er und sein Anwalt gehen einen Deal mit der Staatsanwaltschaft ein. Bedingung ist, dass Bellick seine dann auf 25 Jahre reduzierte Strafe in Illinois absitzen darf, in der Hoffnung, in Fox River seine Beziehungen und seine ehemalige Autorität als Wärter ausnutzen zu können. Doch der neue Direktor lässt keinerlei Privilegien mehr zu. Bellick ist der Rache der Häftlinge ausgesetzt.

Self stellt Michaels Team noch den jungen Computerfreak Roland zur Seite, bevor die Jagd nach der Speicherkarte, auf der sich die Scylla-Datei befindet, beginnt. Dank Mahones brillanter Analyse-Fähigkeit ist der so genannte 'Kartenhalter' der Company, ein gewisser Tuxhorn, schnell aufgespürt. Doch dessen Anwesen entpuppt sich leider als uneinnehmbare Festung. Also beschließt man die Scylla nicht zu rauben, sondern mit Hilfe einer genialen Erfindung von Roland zu kopieren. Die Zeit drängt, da Wyatt im Begriff ist, herauszufinden, dass Michael und seine Truppe sich nur 'offiziell' in einem Hochsicherheitsgefängnis befinden. Unterdessen gelingt es T-Bag auf sehr unappetitliche Weise, einem qualvollen Tod in der Wüste zu entgehen, woraufhin er sich gleich wieder mit Whistlers Vogelbuch auseinandersetzt, mit dessen Hilfe er noch vor Michaels Team in den Besitz der Scylla gelangen könnte.

Kellerman nutzt seinen Status als FBI-Agent und bewahrt Michael und Lincoln vor einer Verhaftung. In einer abgelegenen Lagerhalle nehmen die Brüder ein Video auf, auf dem sie die ganzen Hintergründe des Komplotts darlegen und spielen dieses Band einem Fernsehsender in die Hände. Als Mahone das Video zu sehen bekommt, versucht er sofort, Hinweise zu finden, die auf den Standort von Michael und Lincoln hinweisen können. Außerdem ist Mahone davon überzeugt, dass in dem Video eine Botschaft steckt. Er stattet Bellick einen Besuch im Gefängnis ab, um die Botschaft entschlüsseln zu können. Tatsächlich erklärt ihm Bellick, dass Teile der Rede an Sara aus dem Buch der Anonymen Alkoholiker stammen. Mahone besorgt sich das Buch, findet die Stellen und entschlüsselt die Botschaft, die Michael an Sara geschickt hat, um sich mit ihr zu treffen. An dem von Michael ausgewählten Treffpunkt, einem Krankenhaus, erscheint Sara zwar nicht, aber sie ruft dort Michael an. Michael verspricht ihr, das Rätsel um den Schlüssel zu lösen, damit beide endlich ihren Frieden finden können. Draußen vor dem Krankenhaus wird derweil Kellerman von der Präsidentin höchstpersönlich angerufen, die ihm verspricht, dass alles wieder so werden wird, wie es einmal war - vorausgesetzt, Kellerman bringt ihr die beiden Brüder ...

T-Bag wartet an der Gepäckaufbewahrung auf dem Flughafen auf seinen Rucksack mit den fünf Millionen Dollar. Er verliert die Nerven, klettert hinter die Absperrungen und schlägt den Gepäckburschen besinnungslos, ohne sich jedoch seinen Rucksack schnappen zu können. Sucre und Maricruz genießen das Leben auf dem Lande. In den TV-Nachrichten erfährt Sucre von T-Bags Anwesenheit in Mexiko-Stadt. Als er für einen Einkauf das Haus verlässt, sind bei seiner Rückkehr seine Frau und seine Tochter verschwunden. Dafür taucht Bellick auf, der scharf auf die Belohnung ist. Als ihm Sucre jedoch die fünf Millionen von T-Bag in Aussicht stellt, wird Bellick unsicher. Michael steckt der Präsidentin bei deren Ankunft in Chicago einen Zettel zu, auf dem er ihr mitteilt, dass er die Aufnahme hat. Michael wird überwältigt und in die Hotelküche gebracht, wo ihn Kim zusammenschlägt. Die Präsidentin wünscht jedoch ein Gespräch unter vier Augen. Michael macht der Präsidentin klar, dass er den Mitschnitt eines Telefonats von ihr mit ihrem Bruder Steadman besitzt. Übers Telefon spielt ihr Lincoln dieses Telefonat vor, in dem unmissverständlich deutlich wird, dass die Präsidentin mit ihrem Bruder ein inzestuöses Verhältnis hatte. Michael fordert seine und Lincolns Begnadigung durch die Präsidentin, die diese live im Fernsehen bekannt geben soll. Als sie allerdings vor die Kameras tritt, gibt die Präsidentin bekannt, dass sie angeblich Krebs hat und mit sofortiger Wirkung von allen Ämtern zurücktritt.

Sara ist auf dem Weg zu Michael und Lincoln, die auf einem Frachter auf sie warten. Sie bemerkt, dass sie vom FBI verfolgt wird und spielt Michael am Telefon vor, dass sie schon auf dem Schiff sei. Sara wird verhaftet, das Schiff legt ohne sie ab, und Michael will sofort wieder an Land, um Sara zu helfen, wovon ihn Lincoln abhält. Die beiden gehen in Panama vom Schiff. Bellick und Sucre versuchen, T-Bag zu finden, um an die Millionen zu kommen. Sie klappern erfolglos alle Bahnhöfe, Buslinien, Mietwagenfirmen und Hotels ab. Von einem Mitarbeiter in einem Fremdenverkehrsbüro erfahren sie schließlich, dass T-Bag als Mr. E. Stammel einen Flug nach Panama gebucht hat. C-Note wird von Wheeler und Sullins, einem Mitarbeiter der Dienstaufsichtsbehörde des FBI, unter Druck gesetzt, gegen Mahone auszusagen. Doch C-Note fordert, dass er frei gelassen wird und eine neue Identität bekommt. Das alles gewährt ihm das FBI. C-Note wird auf freien Fuß gesetzt, darf zu seiner Familie, fällt unter das Zeugenschutzprogramm, bekommt eine neue Identität, eine neue Adresse - und verspricht im Gegenzug dazu, gegen Mahone auszusagen.