Ethan Burke ist Agent beim Secret Service. Zwei seiner Kollegen sind verschwunden. Nun soll er ermitteln, was passiert ist und wo sich die beiden befinden. Seine Recherchen führen ihn nach Idaho. In der Nähe des verschlafenen Städtchens Wayward Pines baut er einen schrecklichen Autounfall. Ethan sieht danach zwar ziemlich übel zugerichtet aus, überlebt den Crash allerdings. Viel schlimmer erscheinen ihm schon bald dieser seltsame Ort und seine Bewohner. Irgendetwas stimmt hier nicht…
Joe und Marybeth versuchen, wieder zueinander zu finden. Joe wird von den Mordermittlungen ausgeschlossen. Nate und Cricket suchen nach Antworten auf Geheimnisse der Vergangenheit.
Oliver erkennt, dass er Hilfe beim Kampf gegen Darhk braucht, und wendet sich an eine alte Freundin, Vixen (MEGALYN E.K.), die ihre Tierkräfte benutzt, um herauszufinden, wo er sich aufhält.
Oliver und das Team entdecken den Plan von HIVE, Team Arrow endgültig zu vernichten. Oliver bereut vor seiner Hochzeit, dass er Felicity seinen Sohn verheimlicht hat.
Oliver muss sich mit den verheerenden Folgen des letzten Angriffs von Darhk auseinandersetzen. Er will sich rächen und begibt sich auf der Suche nach Dahrk auf eine brutale Menschenjagd.