Ted King

Während Michael und Sara durch den Zettel, den sie bei ihrem Verfolger gefunden haben, einem Mann mit den Initialen 'VS' auf die Spur kommen, entgeht Lincoln nur knapp einem Mordanschlag, den seine Mutter Christina angeordnet hatte. Immerhin findet er bei dem Attentäter ein Handy, das ihn auf die Spur seiner Mutter führt, die in der indischen Botschaft versucht, Scylla an die indische Regierung zu verkaufen. Der indische Botschafter Naveen wäre auch durchaus gewillt, Scylla auf einer Konferenz für fortschrittliche Energie als seine eigene Errungenschaft zu präsentieren, aber nur, wenn Christina verhindert, dass dort der Zukunftsforscher Sandinsky erscheint, der das ganze Scylla-Projekt in Frage stellen und Naveen lächerlich machen könnte. Inzwischen entdecken Sara und Michael, dass die Initialen 'VS' für eben diesen Vincent Sandinsky stehen, scheitern aber bei dem Versuch, ihn gleich nach seiner Landung in Miami zu entführen, um ihn in Sicherheit zu bringen, und geraten dadurch selber in äußerste Lebensgefahr, aus der sie von Lincoln und Co. gerettet werden. Und während Lincoln und Co. davon überzeugt sind, dass es sich bei Sandinsky nur um einen unschuldigen Wissenschaftler handelt, entdecken Michael und Sara, dass Sandinsky wahrscheinlich ein Verbündeter von Christina ist. Außerdem erfährt Sara etwas, das ihr Leben verändern wird.

Michael verspricht Christina die Scylla und baut einen Sprengsatz. General Krantz droht, T-Bag auf Sara loszulassen. Mahone schlägt Michael ein Schnippchen, um seine Pam zu retten. Und in Chicago erwägen zwei alte Gefährten, im Streit um die Scylla mitzumischeln. Sich für die Rettung von Lincoln oder Sara zu entscheiden, ist für Michael undenkbar - er setzt alles daran, beide in Sicherheit zu bringen. Er verspricht Christina Scofield die begehrte Scylla in 45 Minuten am Hafen, um den verletzten Lincoln freizubekommen. Dort bereitet Michael einen Sprengsatz vor. Mahone beschwört ihn, das Gerät auszuhändigen, um damit auch Pam, L. J. und Sofia zu schützen. Doch Michael ist zu keinem Zugeständnis bereit. General Krantz setzt ihn ebenfalls unter Druck und droht, in einer Stunde T-Bag auf Sara loszulassen. In Chicago fühlt Sucre sich verfolgt. Als er sich in einem Hinterhof seinem Verfolger stellt, merkt Sucre, dass es sich um C-Note handelt. Dieser will Sucre überreden, Michael und Lincoln zu suchen und ihnen ein Gerät abzunehmen, um im Gegenzug die Tilgung begangener Missetaten zu erreichen und endlich in Freiheit leben zu können. Mahone ist besorgt, weil Michael keinen Plan zur Rettung von Pam hat. Er beschliesst, auf eigene Faust tätig zu werden und selbst mit Christina Scofield Kontakt aufzunehmen. Tatsächlich verspricht sie Pam zu verschonen - besteht aber darauf, zuerst Scylla ausgehändigt zu bekommen. Mahone ist gezwungen, Michael auszubooten - der sich mit einem leeren Koffer zur Übergabe von Sara begibt.

Michael und Lincoln wollen das Hotel übers Dach verlassen, bleiben jedoch im obersten Stock stecken. Christina Scofield will das Schicksal ihrer Söhne besiegeln. Und General Krantz übt blutige Vergeltung. Michael und Lincoln sitzen im Hotel in der Falle, in dem nach dem Anschlag das Chaos ausgebrochen ist, und müssen sich Scylla erneut ans Bein streichen. Die einzige Chance der Brüder zu entkommen, ist das Dach. Mittels Passepartout gelingt es Michael, Zugang zu den oberen Stockwerken zu erhalten. In der obersten Etage angekommen, stecken die zwei fest: Von unten nahen die Cops und beim Betreten der Treppe aufs Dach würden sie den Alarm auslösen. Auch wenn sie bedauert, Michael in die Bredouille zu bringen, ist Christina Scofield mit den gefälschten Dokumenten höchst zufrieden, die den Brüdern einen Deal mit den Chinesen in die Schuhe schieben. Sie trifft sich mit dem Indischen Premierminister und erklärt sich zum Verkauf von Scylla bereit, damit er sich an den Chinesen für den Tod seines Sohnes rächen kann. General Krantz macht seine Drohung war. Er zieht einen von drei Zetteln aus einem Gefäss, jenen mit Donald Selfs Namen. Die Ehefrau des Bundespolizisten muss für sein Versagen das Leben lassen, Self selbst soll es später nicht besser ergehen.

Um Self, Lincoln, Mahone und T-Bag noch mehr unter Erfolgsdruck zu setzen, lässt General Krantz die vier wissen, dass er jederzeit Zugriff auf die Menschen habe, die ihnen am wichtigsten sind. Als Lincoln sich darüber bei Krantz beschweren will, erfährt er, dass Michael aus dem Company-Gewahrsam fliehen konnte und vermutlich auch wieder auf der Jagd nach Scylla ist, weshalb Krantz seinen Leuten den Befehl gegeben hat, Michael zu finden und zu töten. Aber auch General Krantz selber lebt nicht gerade ungefährlich, denn er übersteht den Mordanschlag von seinem Vertrauten Oren nur denkbar knapp. Unterdessen gelingt es Mahone, endlich eine heiße Spur zu Scylla aufzunehmen. Diese Spur führt direkt zum Kirchensaal einer kleinen dubiosen karibischen Kirchengemeinde. Lincoln hingehen trifft sich mit seiner Mutter Christina zu einer großen Aussprache, bei der sie versucht, Lincolns Vertrauen zurückzugewinnen, indem sie ihm verrät, dass sie vorhat, General Krantz zu beseitigen und aus der Company etwas durchaus Positives zu machen, wofür sie aber unbedingt noch zwei Tage Zeit braucht. Weitere Auskünfte über Scylla verweigert sie Lincoln jedoch, weshalb Mahone, Self und T-Bag danach fest überzeugt sind, dass sich Scylla in Christinas Besitz befindet. Und nachdem Mahone und Co. auch Christinas Vision einer positiven Company stark bezweifeln, beschließt Lincoln, seine Mutter ein weiteres Mal zu besuchen, obwohl sie ihm das ausdrücklich untersagt hatte. Und so läuft Lincoln in eine tödliche Falle ...

Michael steht kurz davor, in den Besitz der Scylla-Datei zu gelangen, und die Firma zerstören zu können.

Pad Man hält Michael nach dessen Operation in einem abgelegenen Haus im Wald fest, wo ihn Dr. Knowlton mit Hilfe einer psychologischen Gehirnwäsche für die Company gewinnen soll. Michael muss sich im Verlaufe der Behandlung seinen Erinnerungen an seine tot geglaubte Mutter stellen. Sara, die in Los Angeles geblieben ist, erfährt aus Company-Kreisen von der Behandlung, die Michael zuteil wird, und versucht, ihn aus seiner Gefangenschaft zu befreien. Allerdings ist Pad Man mal wieder bestens informiert. Währenddessen sucht Lincoln zusammen mit Gretchen, Self und T-Bag in Miami nach dem Mann, der Scylla gestohlen hat. Gerade als die Situation für Lincoln brenzlig wird, taucht Mahone auf und steht Lincoln zur Seite. Gretchen ist mal wieder besonders gerissen und will ihre eigenen Geschäfte tätigen, nachdem sie die Identität des Scylla-Diebes aufgedeckt hat. So lockt sie die anderen in eine Falle und die Situation spitzt sich zu ...