Tante Dete bekommt eine Stelle in Frankfurt angeboten und bringt Heidi zum Alm-Öhi. Schon während der Zugfahrt hört sie merkwürdige Gerüchte über ihren Großvater, doch Heidi lässt sich nicht beirren. Tapfer und erwartungsvoll folgt sie ihrer Tante Dete zur Alm des Großvaters. Unterwegs treffen sie den wortkargen Ziegenhirten Peter, der unweit vom Großvater lebt. Auf der Alm angekommen entwickelt sich sofort ein heftiger Streit zwischen dem Großvater und Dete, so dass diese überstürzt abreist, ohne sich von Heidi zu verabschieden.

Besonders die Ziegen haben Heidis Interesse geweckt. Nach einigem Zögern erlaubt der mürrische Großvater, dass sie den Geißen-Peter auf die Weide begleitet. Doch der wortkarge Hirtenjunge ist gar nicht begeistert, auch noch ein kleines Mädchen aus der Stadt hüten zu müssen. Als Peter ein Nickerchen macht, gerät Heidi, von ihrer Neugier getrieben, in eine lebensbedrohliche Situation. Peter kann Heidi zwar im letzten Moment retten, doch verliert er dabei seine Herde aus den Augen und eine Ziege stürzt ab. Als die Kinder die verletzte Ziege von einem Abhang bergen wollen, zeigt sich, dass Peter von Heidi noch einiges lernen kann, wenn es um den Umgang mit Tieren geht. Jetzt halten beide zusammen, als sie sich vor dem wütenden Großvater verantworten müssen. Der berüchtigte Zorn des Alm-Öhis währt nicht lange, denn Heidi kümmert sich liebevoll um die verletzte Ziege Bärli.

Karl macht Peter das Leben schwer. Mit seiner Gang verfolgt er Peter den ganzen Tag. Als sogar Heidi in den Ärger mit hineingezogen wird, fordert Peter Karl zum Kräftemessen heraus. Die beiden klettern um die Wette und als Karl beinahe abstürzt, müssen Peter und der Alm-Öhi ihn retten. Karl und seine Gang werden schließlich als Streit-Anstifter enttarnt und vom Großvater verjagt.

Heidi hat einen verwundeten Vogel gefunden. Großvater erklärt Heidi, dass der Vogel nicht mehr zu retten ist. Als sie Peter um Hilfe bitten will, ist dieser nicht auffindbar. Er hält sich wie jeden Sonntag an einem geheimen Ort auf. Und so muss Peters blinde Großmutter Heidi mit Rat und Tat zur Seite stehen. Auf der Suche nach einem bestimmten Heilkraut für den Vogel gerät Heidi in Gefahr. Doch Peter ist zur Stelle und befreit Heidi aus ihrer misslichen Lage. Gemeinsam finden sie das Heilkraut, mit dem das Vöglein in letzter Minute gerettet werden kann. Die beiden beschließen, Heidis Sturz zu verschweigen, und so entwickelt sich aus ihren gemeinsamen Erlebnissen zusehends eine enge Freundschaft – nur dadurch getrübt, dass Peter seinen geheimen Ort selbst Heidi nicht preisgibt.

Pieple, das verwundete Braunkehlchen, ist wieder gesund und hilft Heidi bei ihrem nächsten Abenteuer. Karl, Theresa und Willi wollen sich auf die Suche nach Peters Versteck machen. Peter gibt Heidi die Schuld, dass die drei Kinder von seinem Versteck erfahren haben. Doch sie kann ihn überzeugen, dass die Bande ihm nur auf die Spur kommen konnte, weil er Heidi nicht ins Vertrauen gezogen hat. Nachdem sie Karl und seine Bande trickreich in die Irre geführt haben, vertraut Peter Heidi seinen geheimen Rückzugsort an. Es ist ein großartiges Baumhaus mitten im Wald. Hier hat er auch sein kostbarstes Erinnerungsstück versteckt: die Uhr seines verstorbenen Vaters. In dem Baumhaus schwören sich beide ewige Freundschaft und genießen die wundervolle Aussicht auf die Berge.

Es ist Herbst geworden und Peter sieht bereits bedrohlich den Winter nahen, denn dann muss er wie alle Kinder im Dörfli die Schulbank drücken. Weil Heidi nicht versteht, wieso ihm das Sorgen macht, erzählt er ihr die schauerlichsten Geschichten über das Schulleben und nicht zuletzt die Erwachsenen, die ihn dazu drängten. Als dann auch noch Herr Traber, der zwar freundliche, aber etwas blass und streng wirkende Dorflehrer, vor Heidis Tür steht und dem Großvater einen ominösen Brief überreicht, befürchtet sie das Schlimmste und nimmt über Nacht reiß aus.