Der Infinite Stratos kann nur von Frauen gesteuert werden. Doch es gibt eine Ausnahme. Ichika Orimura, der aus irgendeinem Grund als einziger Mann einen IS steuern kann, wird auf die IS-Akademie geschickt, um dort eine Pilotenausbildung zu unterlaufen. Die gesammelte Aufmerksamkeit seiner Mitschülerinnen, die aus unterschiedlichen Ländern stammen, macht Ichika mitunter sprachlos.

Ichika und Cecilia duellieren sich um den Klassensprecherposten. Ichika bekommt in der Woche vor dem Kampf Intensivtraining von Houki. Jedoch gelingt es ihm nicht, sich bis zum Tag des Kampfes wesentlich zu steigern und er muss ohne Zugewinn ins Feld ziehen.

Eine chinesische Kadettenvertreterin kommt als Austauschschülerin an die IS-Akademie und überbringt ihrer Parallelklasse eine Kriegserklärung. Es stellt sich heraus, dass es sich um Ling, Ichikas Sandkastenfreundin handelt. Ling hatte schon immer Gefühle für Ichika. Als sie erfährt, dass Houki Ichikas Zimmergenossin ist, stürmt sie in deren Zimmer und fordert Houki auf, mit ihr zu tauschen.

Der erste Klassenligakampf. Ling steuert Shenlong auf Ichika zu. Shenlongs Kraft und seine Drachenkanone zwingen Ichika in einen Verteidigungskampf, wobei er trotzdem die Möglichkeit zum Rückschlag sucht. Plötzlich dringt ein unheimlicher IS gewaltsam in die Arena ein. Ichika und Ling versuchen mit vereinten Kräften den Angriff des rätselhaften IS aufzuhalten.

Der weltweit zweite männliche IS-Pilot Charles Dunois wechselt an die IS-Akademie und kommt aus Frankreich. Ichika freut sich sehr darüber, dass es neben ihm nun einen weiteren Jungen an der Schule gibt. Charles erwärmt sich auch sofort für Ichika, nur trägt er leider ein großes Geheimnis mit sich herum. Am Folgetag kommt eine weitere Austauschschülerin.

Laura sieht Ichika als Feind an und provoziert ihn ständig. Anscheinend kann sie ihm nicht verzeihen, dass Chifuyu, die von Laura verehrt wird, den zweiten Titel im Mondo Grosso sausen ließ, um Ichika zu retten, als er als Kind entführt wurde. Ichika erfährt durch Zufall von Lauras Groll auf ihn. Wie damals stößt es ihm bitter auf, dass Chifuyu ihn ständig beschützen muss.