Hibino Kafka hat sich sein Leben anders vorgestellt. Ursprünglich wollte er dem Verteidigungskorps beitreten und dabei helfen, die Kaijūs allesamt auszulöschen. Stattdessen arbeitet er für eine Kaijū-Beseitigungsfirma, die die Kampfschauplätze von den Überresten der Kaijūs säubert. Sein Leben ändert sich, als er einen neuen Kollegen bekommt.

Kafka und Reno fliehen aus dem Krankenhaus, nachdem Kafka in seiner Kaijū-Gestalt entdeckt wurde. Die 3. Einheit vom Verteidigungskorps ist bereits auf dem Weg, um ihn zu eliminieren. Doch dann erscheint plötzlich ein anderes Kaijū.

Kafka hat sich entschieden, noch einen letzten Versuch zu wagen, um es in das Verteidigungskorps zu schaffen. Gemeinsam mit Reno begibt er sich zum Stützpunkt Tachikawa, wo die zweite Runde des Auswahlverfahrens stattfindet. Auf dem Parkplatz machen die beiden Bekanntschaft mit Shinomiya Kikoru.

Der letzte Test des Auswahlverfahrens vom Verteidigungskorps ist im vollen Gange. Obwohl sich Kafka das Bein gebrochen hat, will er nicht aufgeben und bis zum Ende durchhalten. Reno gibt ihm Rückendeckung. Gemeinsam setzen sie den Kampf gegen die Kaijūs fort.

Nach ihrem letzten Test für das Verteidigungskorps warten Reno und Kafka auf das Schreiben von der Eliminierungsbehörde. Als es dann eintrifft, finden sie heraus, ob sie es in das Korps geschafft haben oder nicht.

Kafkas erste Mission beginnt. Ein Haupt-Kaijū ist in Sagamihara erschienen. Die Aufgabe von Kafka und den anderen besteht jedoch darin, die Begleit-Kaijūs auszuschalten.