Unter der neuen Führung von Yamanbagiri wird die Erste Einheit ins Jahr 1565 geschickt und trifft in Kyoto auf eine Gestalt mit Teufelsmaske, die in den Geschichtsbüchern schon als verstorben galt - Shougun Yoshiteru Ashikaga. Da sie mordend durch die Stadt zieht, bieten sich der alte Truppenführer Mikazuki, Honebami, die Brüder Hizamaru und Higekiri, Oodenta und Yamanbagiri als Lockvögel an.

Die Zweite Einheit landet im Jahr 1866 in Kyoto und hat den Auftrag, Mutsunokamis ehemaligen Herrn vor dessen Verhaftung und möglicher Ermordung seitens der Polizei zu schützen. Was nur wie ein Überwachungseinsatz aussieht, stellt sich als ziemlich heikel heraus, da Sakamotos menschgewordenes Schwert aktiv in das Geschehen eingreifen muss, damit die Geschichte bewahrt bleibt.

Saniwa taucht in Kyoto auf und spürt auch Kanesadas Verlangen, in der letzten Stunde seines ehemaligen Herrn - in der Schlacht von Hakodate - bei ihm zu sein. Der neue Herr verspricht ihm, das zu können, wenn gleichzeitig die Geschichte beschützt wird. Die beiden reisen mit Mutsunokami und Konnosuke in die Zeit (1869) an besagten Ort (Hakodate) und treffen auf die Zeitumkehrarmee.