Koihime Musou basiert auf einer Eroge von BaseSon und zeigt eine alternative Version des chinesischen Romans Romance of the Three Kingdoms. Im Gegensatz zur Eroge wurde auf einen männlichen Protagonisten verzichtet, d.h. es gibt durchweg nur weibliche Hauptfiguren. Die Geschichte handelt von Kan'u, die - nachdem ihre Familie von Banditen ermordet wurde - durch das Land zieht um die Welt von den Gesetzlosen zu befreien. Es dauert nicht lange, bis sich ihr weitere Mädchen anschließen, um ihr bei der Aufgabe zu helfen.