Märchen Mädchen handelt von Hazuki Kagimura, welche nicht so gut mit ihrer Familie auskommt und daher eher einsam ist. Aus diesem Grund zieht sie sich jeden Tag aufs Neue in die Welt der Bücher und Geschichten zurück … Eines Tages gelangt sie jedoch durch ein Bücherregal in eine neue Welt, in der sie auf das Mädchen Shizuka Tsuchimikado trifft. Recht schnell findet sie heraus, dass jedes Mädchen, das in diese Schule kommt, durch Märchen oder alte Volksgeschichten auserwählt wurde, um deren jeweilige Magie an dieser Schule zu erlernen. Hazuki selbst gelangte durch das Märchen „Cinderella“ an diese Schule und so beginnt ihr neues Leben in einer ihr bislang fremden Welt …