De film vertelt het verhaal over het ontstaan van de vriendschap tussen Charles Xavier en Erik Lehnsherr, beter bekend als Professor X en Magneto, die voor het eerst hun krachten ontdekken. Samen met andere mutanten proberen zij de wereld te redden, maar als er een kloof ontstaat tussen de twee vrienden, mondt deze uit in de oorlog tussen de ‘brotherhood’ van Magneto en de X-Men van Professor X.