De strijd tussen tijd en de ruimte - vervormde werelden en afwisselende dimensies - blijft woeden, en Ash en vrienden zitten er weer midden in! Michina Town is een oude nederzetting, met een lange en legendarische geschiedenis - een geschiedenis die is minder hemels is als het gaat om Arceus, een machtige Pokémon waarvan wordt gezegd hij de wereld heeft gevormd. Arceus heeft ooit een deel van zijn kracht, het Juweel des Levens, gegeven om Michina Town te helpen, maar toen het tijd was om die kracht terug te geven, werd Arceus verraden! Arceus keert terug, maar dat veroorzaakt problemen in de verschillende dimensies en hebben effect op de andere legendarische Pokémon zoals Dialga, Palkia en Giratina. De mensen van Michina willen het goedmaken, maar als hun goede bedoelingen worden tegengewerkt door de gebeurtenissen uit het verleden, ontsteekt Arceus in woede en dreigt hij alles kapot te maken!