Nadat Mystery Inc. een zaak heeft verprutst en een onschuldige heeft ingerekend, moet het misdaadbestrijdingsteam noodgedwongen met pensioen. Maar het duurt niet lang voordat hun oude vriend Vincent van Ghoul hulp nodig heeft en het team weer in actie schiet. Het begon allemaal in een zomer toen Scooby-Doo, Shaggy en Daphne in het geheim 12 van de griezeligste spoken ter wereld opspoorden, maar de meest kwaadaardige van het stel niet te pakken kregen... het 13e spook. Nu het 13e spook nog steeds rondwaart, moet het team verborgen geheimen uit het verleden onder ogen zien en onopgeloste zaken afhandelen. Kleed je warm aan en bereid je voor op de ijzige hellingen van de Himalaya, wilde achtervolgingen, glazen bollen en griezelige spreuken in deze angstaanjagend grappige en originele film!