Aharon Ipalé

Sloane stuurt Sydney en Dixon naar Madrid om een kluisje te stelen. In het kluisje zit een schets van vermoedelijk een cijfercode, opgetekend door de filosoof Milo Rambaldi aan het eind van de 15e eeuw. Nadat ze een spoor van artefacten van Rambaldi heeft gevolgd, staat Sydney oog in oog met haar aartsvijand, Espinosa. Intussen begint Will tijdens het onderzoek naar de dood van Daniel Hecht te vermoeden dat hij verzeild is geraakt in iets wat groter is dan alleen een toevallige moord.

In haar nieuwe rol als dubbelspion voor de CIA is Sydney – die nog steeds rouwt om de recente dood van haar verloofde Danny – vastbesloten om SD-6 binnen een paar weken uit de weg geruimd te hebben. Ze ontdekt al snel dat SD-6 veel groter en veel machtiger is dan ze zich had kunnen voorstellen. Will ontdekt de eerste raadselachtige aanwijzing van de moord op de verloofde van Sydney.

Jack moet Sydney redden. Sloane verdenkt haar ervan de mol binnen SD-6 te zijn en wil dat ze wordt gemarteld en gedood. Zo brengt Jack z'n eigen leven in gevaar. Ondertussen vertelt Sydney Vaughn over haar tijd bij SD-6. Als Will luistert naar een geluidsopname van de moord op Eloise Kurtz, hoort hij het woord SD-6 voor de eerste keer.

Nadat Sydney's vader tijdens een missie in Havana haar leven redt, is ze onder de indruk van zijn kunde als geheim agent. Maar als ze van Vaughn hoort dat Jack ooit in opdracht vele CIA-agenten heeft vermoord, krijgt ze gemengde gevoelens. Sydney gebruikt de nieuwste snufjes en haar natuurlijke charme tijdens een missie in het Griekse Athene.