Mark Galasso

Sydney en Jack worden voor het blok gezet door de nieuwe directeur van SD-6 (Rutger Hauer) als hij de vermiste Sloane vervangt, wiens verblijfplaats en beweegredenen onbekend zijn. Er begint iets moois op te bloeien tussen Francie en Will.

Sydney zit vast in een inrichting nu haar partner dood is en haar leven in gevaar is. Ze werkt aan een ontsnapping, maar intussen leert ze meer over de rol van de Shepard in haar verleden. Sloane confronteert de Alliance met het computervirus van de CIA. Ze komen tot de conclusie dat er een mol zit binnen SD-6.

Sydney vertelt Jack over een droom waarin Will voorkwam. De identiteit van de mysterieuze 'St. Aidan' dwingt Sydney om een verbijsterde Will uit het getuigenbeschermingsprogramma te halen. Maar de achtervolging brengt de twee oude vrienden op ramkoers met Allison, de vrouw die hun beider levens verwoestte. Intussen worden Jack en Vaughn door een ijverige Lindsey gearresteerd omdat ze Sydney hielpen ontsnappen uit handen van de NSC. Sloane stelt onder druk van Lindsey een plan in werking om Sydney uit te schakelen.