Michelle Forbes

Een reeks flashbacks van de voorgaande drie jaren toont hoe Lincoln, Sucre, T-Bag, C-Note en dr Sara in de Fox River State Penitentiary belandden en wat Michael ertoe dreef zijn nauwgezette plan te maken om zijn veroordeelde broer uit de gevangenis te laten ontsnappen.

Nu de ontsnapping een feit is, slaan Michael, Lincoln en de gevangenen buiten de gevangenismuren op de vlucht, met gevaar voor lijf en leden, om te voorkomen dat ze weer gevangengenomen worden. Directeur Pope en kapitein Bellick beginnen een meedogenloze achtervolging om de ontsnapte gevangenen weer op te pakken. De vicepresident vreest dat ze zowel haar functie als haar leven zal verliezen en Veronica bemachtigt het belangrijkste bewijs om Lincolns onschuld te bewijzen.

Lincoln, die denkt dat hij zijn vader bij de executie zal zien, krijgt twee weken uitstel wanneer een rechter opdracht geeft het lichaam van Terence Steadman op te graven. Sucre vraagt om een gunst zodat Michael een nieuwe route naar de ziekenboeg via het ingewikkelde drainagesysteem kan verkennen.

Als Lincolns executie voor de volgende dag gepland staat, neemt Veronica contact met hem op en ze krijgt daarbij een opmerkelijke bondgenoot. Ondertussen moet Michael een manier vinden om Lincoln uit de isoleercel te krijgen, en de gevangenen riskeren alles als ze beginnen aan hun grootste ontsnapping ooit.

Westmoreland gebruikt Bellick om een gat in het ontsnappingsplan te dichten, waardoor Michael gedwongen wordt om de uitbraakplannen naar voren te halen. Een angstige Tweener belooft Michael loyaal te zijn en gaat in ruil daarvoor vrijuit. Michael beseft dat hij geen andere keuze heeft dan Sara bij het plan te betrekken en zijn positie te verraden. Veronica merkt dat haar leven bedreigd wordt door haar naaste bondgenoot, die een verrassende band blijkt te hebben met een gevangene uit de Fox River State Penitentiary.

Dr Sarah twijfelt of ze het licht aan en de deur open moet laten voor Michael, die Pope moet overmeesteren om zijn ontsnappingsplan uit te voeren. Veronica vindt bewijs dat naar Montana wijst, maar realiseert zich dat haar naaste bondgenoot misschien wel haar grootste vijand is. Michael, Lincoln en de andere gevangenen breken uit, maar als het alarm afgaat, is het de vraag wie over de muur komt, wie er achterblijft en wie de gevangenis in een lijkzak verlaat.