Tom Braidwood

Mulder et Scully enquêtent sur un OVNI observé à Reagan, dans le Tennessee. Ils interrogent un conducteur de camion, Ranheim, qui déclare avoir tiré au fusil de chasse sur un objet mystérieux dans le ciel. Mais, les déclarations de Reinheim varient...

Alors que la mère de Scully commence à perdre espoir, Dana réapparaît soudainement dans un petit hôpital local mais dans un état critique : dans le coma, elle doit être maintenue en vie par assistance respiratoire. Son ADN semble avoir été modifié...

C'est la stupeur à Baltimore : un citoyen jusque-là respectable vient d'éliminer les dix personnes qui se trouvaient avec lui dans un ascenseur. Quelques jours plus tard, c'est un garagiste de la ville qui est retrouvé sans vie. L'enquête commence pour Mulder...

Mulder poursuit Krycek pour récupérer la disquette contenant les dossiers secrets du ministère de la Défense, volée à Skinner. Lors de rencontres avec ses indicateurs, il commence à en apprendre plus sur la présence possible d'un extraterrestre au fond de l'océan...

Un jeune indien Navajo découvre dans le désert du Nouveau Mexique un étrange batîment. Il en ramène un étrange cadavre de petite taille ressemblant à ceux des Petits-gris. Par ailleurs, un hacker est arrivé à accéder à des données confidentielles du Département de la Défense des États-Unis sur la surveillance des Ovnis et découvre la preuve du lien qu'il y a entre le gouvernement et les extraterrestres depuis une cinquantaine d'années…

Scully apprend que des implants reproduisent artificiellement les processus mentaux. Elle découvre le Centre de Recherche sur les maladies, où sont fabriquées les puces. Pendant ce temps, à bord du train pour le Canada, Mulder tente de découvrir qui est derrière toutes ces expériences.