Helen Grace et ses enfants déménagent dans leur maison ancestrale, Spiderwick. Jared découvre un boggart et réalise que les créatures magiques sont réelles. Tante Lucinda l'implore de trouver les pages du guide de son père sur les créatures magiques.

Tante Lucinda disparaît, alors Helen se lance à sa recherche. Jared est obsédé par la recherche de la créature magique qu'il a vue dans le grenier, et demande de l'aide pour tendre un piège. Simon se lie d'amitié avec Calliope.

Jared devient paranoïaque à l'idée que la force maléfique s'empare du guide de Spiderwick. Écoutant l'avertissement de Lucinda, Jared veut trouver les pages avec Simon seul, mais Emiko, Hatcher et Calliope se joignent à l'aventure.

Le fossé entre les jumeaux se creuse alors qu'ils se séparent d'Emiko et Hatcher pour trouver plus de pages. Calliope tente de se rapprocher de Simon. Mallory se retrouve obligée d'organiser une fête.

Simon s'enfuit à New York pour demander conseil à son père, emmenant avec lui Calliope. Helen trouve un soutien inattendu auprès du Dr Brauer lorsqu'ils découvrent que leurs enfants ont disparu. Jared doit trouver la page du dragon avant Mulgarath.

Mallory devra faire confiance à Jared pour acquérir l'épée Vorpal, qui peut tuer les ogres. Ils prennent des risques en suivant une sorcière au Marché aux Gobelins. Thimbletack doit défendre Spiderwick. Le lien entre Helen et Dorian se renforce.