Certains humains génétiquement modifiés dotés de capacités extraordinaires doivent chercher un lieu de refuge avant que ceux qui les ont créés puissent exploiter leurs pouvoirs.

Les mutants doués Brennan et Emma rejoignent l'équipe du Mutant X dans la lutte contre l'Agence de sécurité génétique d'Eckhart.

La jeune mutante Tina est menacée par deux criminels russes qui sont en possession d'une arme extraordinaire. Jesse et Brennan peuvent venir en aide à Tina juste à temps, mais dans un combat, Brennan est abattue.

Shalimar tombe amoureux d'un scientifique qui peut inverser les mutations génétiques mais lorsque les traitements s'avèrent fatals, l'équipe doit intervenir.

Le mutant Kilohertz, à travers toutes les chaînes de télévision et les ordinateurs du pays, appelle les mutants à cesser d'être opprimés et à prendre eux-mêmes le pouvoir. Kilohertz est capable d'outrepasser les systèmes électroniques.

Un virus se propage dans toute la ville. Il infecte les nouveaux mutants qui perdent d'abord leurs pouvoirs et finissent par mourir. Adam est immédiatement à la recherche d'une antidote.