Alors qu'elle sort tout juste de prison pour un crime qu'elle n'a pas commis, Kuniko, jeune fille rebelle et impétueuse retourne à Duomo où sa grand mère compte sur elle pour devenir le nouveau chef du Metal-Age... Mais Kuniko, soutenue par son amie et protectrice Momoko, semble vouloir n'en faire qu'à sa tête...

Kuniko et ses comparses tentent de trouver les commanditaires de l'attaque menée sur Duomo. Ils décident pour cela de s'aventurer dans la jungle d'Ikebukuro, d'où l'attaque semble avoir été lancée. Sur place, ils se retrouvent nez à nez avec l'armée, elle-même en pleines recherches...

Miiko a tiré le bon numéro à la loterie, décrochant ainsi un ticket pour Atlas. Alors que Kuniko, Momoko et d'autres se réunissent pour fêter son départ, Takehiko part en mission pour détourner un train de marchandises d'Atlas. Lors de la distribution des vivres, des dissidents du Metal-Age s'en prennent à Takehiko et à ses camarades, les accusant d'avoir attiré les foudres de l'armée sur eux. Troublée par ces critiques, Kuniko décide d'infiltrer Atlas, afin de voir et de comprendre ce contre quoi elle lutte...

Bouleversée par sa visite à Atlas, Kuniko cherche un moyen efficace de prendre part à la lutte. Elle propose alors aux membres du Metal-Age de vendre une partie des ressources en graphite de Duomo, afin de constituer le pécule et le stock d'armes nécessaires à leur combat. Ayant obtenu l'accord de Nagiko et de Takehiko, Kuniko et Momoko se dirigent vers Akiba, réputé comme étant le plus grand marché au noir de l'Asie...

Alors qu'elles font affaire avec un revendeur d'Akiba, Momoko et Kuniko se trouvent nez à nez avec Kusanagi, Major de l'armée japonaise déjà rencontré lors de leur mission dans la jungle d'Ikebukuro. Curieuses de savoir ce que l'armée manigance, Momoko et Kuniko mènent donc leur enquête, aidées par les Trois papis d'Akiba...

Alertées par des mouvements suspects qui troublent les marchés du carbone, Kuniko et Nagiko tentent de percer à jour le secret du Serpent, système surpuissant à l'origine du chaos...