Dois agentes do serviço secreto descobrem a relação entre Lincoln e Michael e pressionam o diretor do presídio a mudar Michael de lugar, inclusive com ameaças. Isso obriga a equipe a apressar o plano de fuga.
Michael decide provocar distúrbios entre os prisioneiros para ganhar tempo e conseguir escapar. Mas T-Bag se encarrega de estragar seus planos e Lincoln e Sara Tancredi acabam em perigo.
Fica cada vez mais difícil realizar o plano. Dessa vez, Michael tem que salvar um prisioneiro das mãos de T-Bag. Além disso, um problema inesperado leva a equipe a perder o acesso a um lugar chave para a fuga.
Enquanto Veronica investiga novas pistas sobre o caso, Lincoln é vítima de uma tentativa de assassinato. Além disso, o plano de fuga é adiado quando Michael decide salvar Sara da rebelião provocada por T-Bag.
O ar fresco oferece um novo mundo para os oito que conseguiram fugir da prisão. Cada um está por sua conta agora. No entanto, a história não termina, porque Veronica viaja para Blackfoot para descobrir a origem da conspiração.
