Clark testa os limites de seus poderes para salvar Ryan (RYAN KELLEY), um jovem amigo telepata, de um médico maligno que deseja controlar as habilidades do rapaz. Enquanto isso, Nell (SARAH-JANE REDMOND), guardiã e tia de Lana, revela que planeja trazer a família para Metrópolis.
Clark e Lana, inexplicavelmente, tentam matar Chloe após receberem um misterioso e-mail do Instituto Sommerholt; Lana decide alugar o apartamento para Adam.
Acreditando que uma informação importante tenha sido perdida quando sua memória foi apagada, Lex decide se unir a um programa experimental com o Dr. Garner para recuperar a informação sobre o passado de seu pai.
A equipe investiga uma pequena cidade no interior de Nova York, onde as pessoas desfiguradas tentam se esconder.
Mais perguntas surgem e o perigo aumenta na segunda temporada de "Kyle XY". Kyle começa a saber a verdade sobre seu passado, mas sob o treinamento rígido de Tom Foss, ele pode também saber a abrangência de suas habilidades. Tudo isso precisa ser mantido em segredo, até mesmo dos Trager, pois eles querem ajudá-lo a ter uma vida normal de novo. Kyle tem que aprender a viver sua vida dupla e com os perigos desconhecidos que rondam a família. O perigo aumenta quando a garota na cápsula é libertada e segue em busca de Kyle.
