Na prisão há tantos amigos quanto inimigos. Enquanto Michael põe à prova seu companheiro de cela, Fernando Sucre, em busca de um aliado de confiança, ele é perseguido por T-Bag, que quer vingança.
Depois de descobrir que seu primo está saindo com sua namorada, Fernando Sucre se junta ao plano de fuga de Michael. Além disso, Patoshik, o novo companheiro de cela de Michael, também se une ao plano.
Veronica e Nick precisam ter cuidado já que os agentes Kellerman e Hale estão atrás deles. Além disso, Michael inclui na equipe Charles Westmoreland, um homem que vai permitir abrir caminho entre alguns guardas.
Dois agentes do serviço secreto descobrem a relação entre Lincoln e Michael e pressionam o diretor do presídio a mudar Michael de lugar, inclusive com ameaças. Isso obriga a equipe a apressar o plano de fuga.
Michael decide provocar distúrbios entre os prisioneiros para ganhar tempo e conseguir escapar. Mas T-Bag se encarrega de estragar seus planos e Lincoln e Sara Tancredi acabam em perigo.