Dylan Hunt, capitaine du vaisseau spatial, l'Andromeda Ascendant, vit sous l'ère de la République Galactique. Son vaisseau est soudainement attaqué par des armées nietzschéennes pendant que son vaisseau est attiré par un trou noir.

Gerentex, l'employeur du vaisseau de sauvetage, est bien décidé à récupérer l'Andromeda Ascendant et à tuer Dylan. Mais ses mercenaires, ainsi que Beka et son équipage, qui veulent revendre le vaisseau, ont beaucoup de mal à venir à bout du commandant. Bientôt tous comprennent que Gerentx a un intérêt tout particulier à vouloir l'Andromeda Ascendant.

Un groupe d'enfants guerriers et irradiés contrôle une station. Dylan donne aux enfants un code leur donnant accès à des bombes qui pourraient leur permettre de détruire plusieurs systèmes solaires.

Beka et Tyr s'affrontent avec Hunt pour le commandement de l'Andromède en plein milieu d'une bataille contre un ennemi inconnu. Les membres d'équipage doivent apprendre à travailler ensemble s'ils veulent survivre.

Quand Dylan décide de venir en aide à un vaisseau pourchassé, Tyr n'est pas d'accord. De plus, Dylan veut essayer de faire signer un traité entre les Than et les Nietzschéens.

A cause d'un erreur de pilotage, l'Andromeda se retrouve au jour et au lieu où la République a perdu sa plus importante bataille. L'équipage du vaisseau hésite entre faire gagner l'armée de la République ou laisser les choses ainsi.