Une nuit, trois hommes naviguant dans le bayou autour de Marais en Louisiane sont tués par les plantes environnantes; deux jours plus tard, une fillette cachée dans leur bateau est retrouvée, affectée par une maladie qui se répand à travers la ville.

La mort d'Alec Holland fait l'objet d'une enquête rapide, mais Abby reste persuadée qu'il avait découvert une expérience dangereuse menée dans les marais; Avery Sunderland demande au Dr Jason Woodrue de corriger le mutagène.

Le mal du marais se répand encore et Abby cherche la solution dans les documents d'Alec; Liz Tremayne découvre des transactions financières louches entre Avery Sunderland et un agent immobilier; Maria Sunderland est hantée par le fantôme de sa fille.

En voulant couper un arbre du marais, deux hommes trouvent le corps d'un homme disparu depuis des années; Alec sent le mal qui a quitté le marais et compte sur Abby pour le ramener; avec l'alerte levée, les Sunderland veulent fêter le nouveau départ.

Alec rencontre un homme qui semble bien connaitre les secrets du marais et cherche à le prévenir: l'esprit de Shawna, l'amie décédée d'Abby, est revenu pour se venger en possédant le corps de Susie; Avery cherche à faire pression sur Liz Tremayne.

De plus en plus aliénée de l'humanité après avoir été traquée, la créature du marais lutte pour comprendre son étrange condition; Matt apprend la vérité sur Alec Holland; Avery fait pression sur Woodrue pour obtenir des résultats.