Deux agents du FBI sont chargés d'enquêter sur les dossiers non résolus, appelés "X-Files" qui sont, la plupart du temps, des affaires où le paranormal entre en jeu. L'agent Fox Mulder, malgré le scepticisme de sa coéquipière Dana Scully, tente de prouver sa thèse d'un complot gouvernement/extra-terrestres. Fox Mulder n'aura de cesse de rechercher sa soeur disparue des années auparavant lorsqu'il avait 12 ans.