Après leur fuite de Cybertron détruite par des siècles de guerre, Optimus Prime et ses Autobots ont trouvé refuge sur une petite planète à l'autre bout de la galaxie : la terre. Depuis leur arrivée, ils maintiennent leur véritable identité dissimulée en étant des robots "déguisés" (robots in disguise). Les Decepticons les ont suivis et menacent désormais la sécurité des habitants natifs de cette planète qu'Optimus Prime a juré de protéger. Les Decepticons n'ont plus fait parler d'eux depuis un certain temps. Leur chef, Megatron, parti en voyage dans l'espace afin de rassembler des troupes, revient sur terre avec l'élément qui pourrait lui apporter la victoire : l'energon noir. Cette substance opposée à l'energon est supposée être le sang d'Unicron et à la capacité de ramener les cybertroniens morts à la vie. Megatron veut rassambler une armée de guerriers tombés au combat pour anéantir les Autobots et commence la construction d'un pont interspatial (space bridge en anglais) pour les transporter directement de Cybertron. La seule chose qui se tienne encore entre lui et la gloire est Optimus Prime. L'équipe qui sert sous les ordres d'Optimus Prime est restreinte : Arcee, Bulckhead, Ratchet, Bumblebee sont les seuls autobots présents sur terre car très récemment, ils ont perdu Cliffjumper. Trois adolescents Miko, Raf et Jack découvrent leur existence et les autobots décident de les prendre sous leur protection.