S1, E1: Kazuki Mutô est un lycéen enjoué et cabotin qui mène une vie des plus ordinaires. Mais en voulant sauver une jeune fille attaquée par un monstre mystérieux il perd la vie. En remplacement de son cœur transpercé, la jeune fille lui implante un nucloton, lui donnant ainsi la force de vivre à nouveau et de combattre les homoncules, des monstres mangeurs d'hommes issus de l'alchimie...