Basé sur la célèbre série TV, le film réunit Mulder et Scully, les agents du FBI, qui se retrouvent plongés dans un complot lors d’une enquête sur le mystérieux attentat à la bombe d’un bâtiment fédéral de Dallas et sur les secrets qui y sont renfermés. Les deux agents finiront par exposer la vérité derrière un projet qui menace de modifier le futur de l’humanité à tout jamais.