Le supercalculateur XANA a lancé une nouvelle attaque contre notre planète; il a pris le contrôle de l'ours en peluche de la petite Milly, élève dans le collège de nos héros; l'ours prend vie et devient agressif et il grandit à vue d'oeil.

Odd tente de monter un groupe de musique lorsque XANA s'empare du système électrique qui alimente toute l'école; après une courte enquête sur ses intentions, Odd découvre que le Supercalculateur espère ainsi faire exploser la centrale nucléaire.

Jérémie a fait exprès de se faire envoyer en retenue pour être là au cas où XANA lancerait une attaque contre la Terre; malheureusement, il est suivi par Sissi qui, le soupçonnant d'activités clandestines, se débrouille pour rester à l'école.

Sissi a dérobé le journal d'Ulrich, contenant des informations sur Lyoko, qu'elle compte bien utiliser pour faire du chantage afin qu'Ulrich puisse sortir avec elle; Jérémie, Yumi et Odd comptent bien venir en aide à leur ami.

Toutes les banques de données d'Internet sont perturbées, car le Supercalculateur y a envoyé un virus; les problèmes engendrés sont très vite réglés et sans beaucoup de conséquences, mais le terminal des lignes ferroviaires a beaucoup souffert.

Le directeur de l'école a décidé d'agrandir le gymnase; les bulldozers et autres machines sont donc de la partie, mais XANA aussi; les bulldozers sont des cibles qu'il ne tarde pas à récupérer pour en faire des armes.