Yato, dieu errant oublié par les humains, se retrouve dans une mauvaise passe quand sa shinki, Tomone, décide de démissionner. Désarmé, il se consacre donc à des missions sans danger, comme retrouver un chat perdu. Seulement, alors qu'il poursuit l'animal en fuite, une collégienne lui sauve la vie en se jetant devant un bus qu'il n'avait pas vu.

Hiyori découvre les avantages de sa nouvelle condition de demi-fantôme - une agilité et une force surhumaine - mais aussi ses inconvénients. Quand elle quitte son corps, elle s'endort de manière totalement incontrôlable et sa vie scolaire devient difficile à gérer.

Yukine a du mal à se faire à sa vie de shinki, surtout au service d'un dieu errant comme Yato ! Fouiller les poubelles pour s'habiller et dormir dans des temples inoccupés tout en étant complètement ignoré par les mortels ne plait guère au jeune garçon. Sa première mission arrive bientôt quand Tenjin, le dieu des études, demande à Yato de s'occuper d'un affaire de suicides causés par un fantôme.

Yato décide de présenter Yukine et Hiyori à Kofuku Ebisu, une déesse qu'il présente comme étant sa petite amie. Celle-ci est accompagnée par Daikoku, son shinki. La rencontre est cependant interrompue quand Yato reçoit l'appel d'un salary-man sur le point de se suicider du haut d'un immeuble.

Yato enseigne à Yukine une technique réservée aux shinki, la frontière qui lui permet de dresser une barrière entre lui et les fantômes. Le jeune garçon se révèle étonnamment talentueux.

De plus en plus instable et mal à l'aise avec son statut de shinki, Yukine vole un skateboard dans un magasin. Alors que Hiyori essaie de couvrir son crime pour éviter que Yato ne le punisse, une déesse montée sur un lion, Bishamon, attaque le dieu errant sans somation, réclamant vengeance contre le meurtrier de ses shinkis.