L’histoire suit le quotidien de Subaru Natsuki, un lycéen de notre époque qui est transporté dans un monde fantastique. Il se retrouve à faire équipe avec Emilia, une fille aux pouvoirs magiques et se lie d’amitié avec d’autres compagnons. Mais très vite, ils sont tués par une mystérieuse assassin… Subaru découvre que lorsqu’il meurt, il se réveille au même endroit de sa téléportation pour revivre sa journée. Mais son pouvoir de remonter le temps sera t-il suffisant pour éviter tous les événements funestes qui le toucheront ?