Konoha wird von einer mysteriösen Gruppe fliegender Ninja angegriffen, die großen Schaden in der Stadt anrichten. Es stellt sich heraus, dass es sich dabei um die „Luft-Ninja“ aus dem Reich des Himmels, eine Nation die eigentlich vor langer Zeit ausgelöscht wurde,handelt. Naruto und seine Freunde werden losgeschickt um sich den Feinden zu stellen und ihr Dorf zu retten. Während seiner Mission trifft Naruto auf Sasuke, der Konoha verließ um sich Orochimaru anzuschließen.