Ein U-Boot ist im Marianengraben verloren gegangen. Darum wird ein weiteres U-Boot losgeschickt, das den Verbleib des verschwundenen Schiffs klären soll. Doch nach dem ersten Kontakt werden Commander Farragut und seine Crew gefangen genommen. Sie erwachen auf der Nautilus, dem U-Boot des wahnsinnigen Genies Nemo. Nemo ist es Leid, mit anzusehen, wie die Menschheit die Erde verwüstet. Er will der Menschheit unter Wasser in einer perfekten Gesellschaft eine neue Zukunft schenken. Doch dazu benötigt er ein Gerät, in dessen Besitz Lt. Aronnax ist. Nur mit ihm kann er Atlantis wiederauferstehen lassen…