Honey führt ein geheimnisvolles Doppelleben: Durch das "I-System" verwandelt sie sich in ihrer Freizeit in die Superheldin Cutie Honey und bekämpft das Böse, welches in Gestalt des Panther-Claw-Clans die Weltherrschaft an sich reißen will. Als ihr Onkel von den Superschurken entführt wird, beginnt ihre wohl gefährlichste Mission und gemeinsam mit der Polizistin Aki und dem Reporter Hayami.