Shinji erwacht im Schlachtschiff AAA Wunder, das im Besitz der Anti-NERV-Organisation ist, die von NERV-Mitgliedern gegründet wurde. Shinji hört Reis Stimme, die von EVA Mark.09 kommt, unterwegs, um ihn zu retten. Er verlässt Wunder und macht sich zu NERV auf. Kaworu zeigt Shinji das veränderte Land. Er erfährt, dass Reis Rettung den Impact auslöste, der katastrophalen Schaden verursachte.