Der Mega Shark kehrt nach seinen Kämpfen gegen den riesigen Octopus und den Crocosaurus erneut zurück: Doch dieses Mal ist die US- Regierung vorbereitet und entsendet dem Mega Shark sein mechanisches Gegenstück Mecha Shark. Mehrere tausend Tonnen schwer, mit gigantischen hydraulischen Kiefern und gesteuert von den besten U-Boot-Piloten der Welt macht sich der Gigant aus Stahl auf, um das uralte Grauen der Meere endgültig zu vernichten. Doch der Kampf der Giganten artet aus und bedroht die Sicherheit des ganzen Planeten...