Megan Leitch

Peter & Olivia untersuchen den Ausbruch eines tödlichen Virus. Da geraten sie selber in Lebensgefahr und werden unter Quarantäne gestellt. Das Team sucht panisch nach einer Lösung.

Drei identisch aussehende Ärzte werden in unterschiedlichen Städten umgebracht. Von ihren Leichen werden keinerlei Überreste gefunden. Mulder und Scully finden heraus, dass es sich um Klone handelte, die einst von den Sowjets eingeschleust wurden.

Scully wird von einem Außerirdischen als Geisel genommen. Sie soll gegen Mulders Schwester Samantha ausgetauscht werden. Gemeinsam mit Skinner will Mulder den Außerirdischen während des Austausches töten. Doch der Plan schlägt fehl.

Scullys Täuschungsmanöver fliegt auf. Mulder muss sich daraufhin in einer öffentlichen Anhörung verantworten. Unterdessen spielt ihm der Raucher neue Informationen zu. Mit ihrer Hilfe kommt Mulder den Drahtziehern des Komplotts innerhalb des FBI auf die Spur.

FBI-Agent Fox Mulder wird aus dem Krankenhaus entführt. In einer Traumsequenz behauptet der mysteriöse „Raucher“, dass Mulder durch sein besonderes Genmaterial als einziger Mensch gegen die von den Außerirdischen in der Kolonisationsphase geplante Seuche immun ist. Der „Raucher“ entnimmt dem Agenten das Genmaterial und lässt es sich selbst implantieren. Mulder kommt nur mit dem Leben davon, weil ihn Dana Scully im letzten Moment aus dem Forschungslabor herausholt.