Die Studentin Sydney Bristow führt als internationale Spionin ein geheimes Doppelleben. Dies gefährdet auch den Heiratsantrag ihres Freundes, Dr. Daniel Hecht. Zudem findet sier heraus, dass es neue Dinge über rätselhafte Menschen in ihrer Nähe gibt.
Sydney bekommt einen Anruf von Sark, der ihr erzählt, dass Will in Taipei als Geisel gehalten wird. Er soll erst dann freigelassen werden, wenn Sydney das Rambaldi-Dokument und die Ampulle aushändigt. Daraufhin macht Jack einen Deal mit Sark.
Sydney und Vaughn wollen Sloanes und seine Tochter Nadia, Sydneys Halbschwester ausfindig machen. Lauren und Sark sind auf den Fersen von Sloane und Nadia, um das Geheimnis um Rambasldi aufzudecken. Vaughns Besessenheit zieht an seinen Nerven.
Jack lernt Ariana Kane kennen, die die Abteilung für Spionageabwehr der Allianz leitet. Kane ermittelt zu den Ereignissen rund um Emilys Verschwinden. Außerdem wird sie beauftragt, herauszufinden, wer Sloane erpressen will.
Marshall gerät nach seiner erfolgreichen ersten Mission mit Sydney plötzlich in Lebensgefahr. Ariana Kane wird von der Leiterin der Spionageabwehr verdächtigt und Jack wird zum Hauptverdächtigen im Fall um das Verschwinden von Emily Sloane.