Die FBI-Agenten Fox Mulder und Dana Scully sind den sogenannten X-Akten zugeteilt, Geheimakten über paranormale Phänomene. In ihrem ersten gemeinsamen Fall müssen sie den mysteriösen Tod von vier Jugendlichen klären. Mulder vermutet dabei außerirdische Einflüsse.
Mulder und Scully untersuchen eine rätselhafte Mordserie. Alle Indizien weisen auf einen gewissen John Barnett als Täter hin. Doch der ist angeblich vor vier Jahren gestorben. Die Spur führt zu einem Arzt, der verbotene Experimente an Gefangenen durchführte.
Der Mann mit der tiefen Stimme macht Mulder auf den Fall eines ertrunkenen Flüchtigen aufmerksam. Zunächst scheint daran nichts besonderes zu sein. Dann findet Mulder Hinweise auf geheime Experimente mit außerirdischer DNA.
In einer zehn Jahre alten Zeitung findet sich die Phantomzeichnung eines mordverdächtigen Vagabunden, der Clark seltsamerweise sehr ähnlich sieht. Clark recherchiert die Fakten und entdeckt ein merkwürdiges Medaillon, mit dessen Hilfe er in die Vergangenheit blicken kann.
Mulder und Scully sind auf der Suche nach dem fliehenden William, während der Krebskandidat seinen ultimativen Plan vorantreibt.
