Usando poteri simili alla telecinesi, un soggetto altamente pericoloso, Lucy, riesce a scappare da un Laboratorio di Ricerche segreto, compiendo una strage. Durante la fuga, un colpo alla testa la porta ad una sorta di sdoppiamento di personalità. "Lucy" lascia così il posto a "Nyu", una ragazza dolce ed indifesa, priva della parola e dei ricordi di un passato di violenza, soprusi e discriminazioni. In questo stato verrà soccorsa da un ragazzo, Kouta, che deciderà di prendersi cura di lei. Ma quale segreto nascondono i poteri di Lucy? Cosa si cela nel suo passato? La vera natura della ragazza è destinata a riemergere, in un susseguirsi di rivelazioni e drammi psicologici che coinvolgeranno tutti i personaggi, per portare ad un inquietante interrogativo: quale sarà il destino della razza umana?