L'Enterprise se dirige vers la planète M-113, pour rendre une visite de courtoisie au professeur Crater ainsi qu'à son épouse, deux archéologues. Très vite, l'équipage devine que quelque chose ne tourne pas rond.

L'équipage du vaisseau Enterprise n'en revient pas : une navette de surveillance a recueilli à son bord un adolescent, seul rescapé d'un accident survenu 14 ans plus tôt. Depuis l'âge de trois ans, Charlie Evans a survécu comme il a pu.

Le capitaine Kirk et l'équipage de l'Enterprise détectent un objet non identifié. Il contient, en fait, un signal de détresse du Vaillant, un engin spatial qui a disparu de la galaxie quelques millions d'années plus tôt.

Un virus rapporté d'une base scientifique va contaminer tous les membres de l'Enterprise, et les pousser à commettre les actions les plus folles, alors qu'ils abordent la planète Psi 2000 afin de participer à des recherches.

Le capitaine Kirk est pris d'un léger malaise. Alors qu'il quitte le télétransporteur, son double apparaît soudain à ses côtés, ce qui pose alors un réel problème à l'équipage, qui n'arrive pas à distinguer le vrai du faux capitaine.

L'Enterprise est poursuivi par un vaisseau spatial hostile. Le capitaine Kirk choisit de lui échapper en se dirigeant vers une zone d'astéroïdes. L'Enterprise ne tarde pas à rencontrer ses premières difficultés.