El comando debe lidiar con piratas que tomaron de rehén a un crucero vacacional lleno de adolescentes y, al mismo tiempo, con los preocupados padres de estos.
MacGyver acude al rescate de un hombre de montaña que ha sido inculpado por asesinato después de aceptar testificar contra una compañía química que está eliminando materiales peligrosos de manera ilegal en los arroyos cercanos.