Patrick Jane renuncia a CBI para poder probar que un presunto asesino es inocente, después de que el prisionero promete darle información sobre Red John en cuanto sea liberado.
Cuando el asesino serial que McGarrett y Alicia han estado persiguiendo los secuestra, la Cinco-0 debe hallarlos.
La misión de Chandler llega a un punto crítico mientras elabora la última parte de su plan, y el presidente Michener evalúa el destino de su presidencia.
En el cierre de la tercera temporada, la lucha por los Estados Unidos llega a su fin y Chandler enfrenta un desafío que podría cambiar su vida para siempre.
La perfiladora del FBI Alicia Brown encuentra un cadáver en su cama y debe unirse a McGarrett en la búsqueda del asesino del ajedrez. Kono se reencuentra con un exrival de surfeo que ahora es un veterano de guerra discapacitado y sin techo.